学術会議問題、菅内閣の任命拒否は「制度論」で見ればおかしい理由（ダイヤモンド・オンライン）
【リンク先抜粋】
任命手続については、多くのメディアにおいてこれまで解説が行われてきているのでここでは詳細なところまで踏み込まないが、基本的な枠組みは、会員または連携会員による推薦その他の情報に基づき、候補者委員会が候補者名簿を作成、総会の承認を得て、会員の候補者を内閣総理大臣に推薦し、内閣総理大臣が任命するというもの。根拠規定は以下のとおり。
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日本学術会議法（昭和23年法律第121号）（抄）
第七条 日本学術会議は、二百十人の日本学術会議会員（以下「会員」という。）をもつて、これを組織する。
2 会員は、第十七条の規定による推薦に基づいて、内閣総理大臣が任命する。
3～8 （略）
第十七条 日本学術会議は、規則で定めるところにより、優れた研究又は業績がある科学者のうちから会員の候補者を選考し、内閣府令で定めるところにより、内閣総理大臣に推薦するものとする。
日本学術会議会則（平成十七年日本学術会議規則第三号）（抄）
（会員及び連携会員の選考の手続）
第八条 会員及び連携会員（前条第一項に基づき任命された連携会員を除く。以下この項、次項及び第四項において同じ。）は、幹事会が定めるところにより、会員及び連携会員の候補者を、別に総会が定める委員会に推薦することができる。
2 前項の委員会は、前項の推薦その他の情報に基づき、会員及び連携会員の候補者の名簿を作成し、幹事会に提出する。
3 幹事会は、前項の会員の候補者の名簿に基づき、総会の承認を得て、会員の候補者を内閣総理大臣に推薦することを会長に求めるものとする。
4 幹事会は、第二項の連携会員の候補者の名簿に基づき、連携会員の候補者を決定し、その任命を会長に求めるものとする。
5 幹事会は、前条第一項に基づき任命される連携会員の候補者を決定し、その任命を会長に求めるものとする。
6 その他選考の手続に関し必要な事項は、幹事会が定める。
日本学術会議会員候補者の内閣総理大臣への推薦手続を定める内閣府令（平成十七年内閣府令第九十三号）（抄）
日本学術会議会員候補者の内閣総理大臣への推薦は、任命を要する期日の三十日前までに、当該候補者の氏名及び当該候補者が補欠の会員候補者である場合にはその任期を記載した書類を提出することにより行うものとする。
